«O meu sentimento, como é natural, é de um grande reconhecimento e de agradecimento à decisão que o senhor Presidente da República tomou em querer-me agraciar.» 

Nesta frase há dois aspectos a considerar: primeiro, não se agradece a uma decisão, agradece-se a alguém; segundo, o pronome se deverá estar ligado ao verbo ao qual diz respeito (agraciar), e não ao auxiliar (querer).

Logo, a frase a utilizar poderia ser a seguinte: «O meu sentimento, como é natural, é de um grande reconhecimento e de agradecimento ao senhor Presidente da República pela decisão que tomou em querer agraciar-me.»