«A GNR explica por que é que não apareceu.»*

Este é mais um dos caso de má utilização do advérbio interrogativo porque, numa oração interrogativa indirecta.

«Porque é que a GNR não apareceu?» seria a interrogativa directa.

De resto, a expressão «porque é que» é sempre constituída pelo advérbio interrogativo (porque) e pela partícula de realce («é que»).

* in matutino 24 Horas de 3  de Junho de 2007