Flor de farinha e farinha-flor são palavras sinónimas.
A expressão «flor de farinha» está registada no verbete correspondente à entrada farinha do Grande Dicionário da Língua Portuguesa (Lisboa, Círculo de Leitores, 1991), de José Pedro Machado, com as seguintes acepções:
«farinha muito fina e de primeira qualidade»;
«(em sentido figurado) massa, têmpera, género, qualidade; estirpe»
«pó que resulta da trituração de várias sementes, para uso alimentar ou medicinal».
Não tinha hífen antes da adopção do Acordo Ortográfico de 1990 (AO 1990) e agora, com a aplicação deste, continuará a não ter, uma vez que se enquadra no tipo de compostos constituídos por locuções substantivas em que existe uma preposição como elemento de ligação (cão de guarda, fim de semana, sala de jantar; cf. Base XV, n.º 6 AO 1990).
Farinha-flor encontra-se no dicionário da Academia das Ciências de Lisboa, com a seguinte acepção:
«farinha de trigo, muito fina, de primeira qualidade. ≃ FLOR DE FARINHA»*
* Na fonte consultada, o símbolo ≃ significa «sinónimo».