Das duas frases que a consulente nos apresenta, quer uma — «Em que pese o facto de o réu ter negado a autoria do delito, foi condenado» — quer outra — «Em que pese o fa{#c|}to de que o réu tenha negado a autoria do delito, foi condenado» — estão correctas. Porque aí, a locução «em que pese» tem o valor dos conectores concessivos «apesar de» e «não obstante», o que implica uma construção em que «o verbo concorda com o sujeito, que lhe vem sempre posposto» (Maria Helena Moura Guedes, Guia do Uso do Português: confrontando regras e usos, São Paulo, Ed. UNESP, 2003, p. 284).

A dúvida que nos apresenta tem que ver, sobretudo, com a palavra que tem a função de sujeito da locução — «o facto» em «em que pese o facto» —, que selecciona um complemento introduzido pela preposição de. Este complemento pode ser realizado por uma oração reduzida de infinitivo (frase 1) ou uma oração finita introduzido pela sequência «de que», com o verbo no indicativo («Em que pese o facto de que o réu negou a autoria do delito, foi condenado») ou, atenuando o valor de certeza, no conjuntivo (frase 2).

Sobre a construção «em que pese», o Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa (1.ª ed., Rio de Janeiro, Ed. Objetiva, 2001, p. 2199) esclarece-nos, também, sobre o seu uso, as suas variantes e respectivo valor/significado: «em que pese (a) 1.: ainda que (tal coisa) pese, custe, doa, incomode (a alguém) — «a seleção de futebol sagrou-se campeã, em que pese a alguns críticos», «em que pese, vencemos»; 2. p. ext., malgrado, apesar de, não obstante — «em que pese a velocidade com que se tem de trabalhar, esperamos errar o mínimo».