O acordo ortográfico de 1990 não diz especificamente que a palavra quê deve ser acentuada quando vier no fim da frase. O que acordo ortográfico diz, na «Base VIII — Da acentuação gráfica das palavras oxítonas», é o seguinte:

«2.º Acentuam-se com acento circunflexo:
 
a) As palavras oxítonas terminadas nas vogais tónicas fechadas que se grafam -e ou -o, seguidas ou não de -s: cortês, dê, dês (de dar), lê, lês (de ler), português, você(s); avô(s), pôs (de
pôr), robô(s);»

Esta é a regra que se aplica à palavra quê, porque quê é uma palavra oxítona terminada na vogal tónica fechada -e.

Esta palavra não é acentuda quando não estiver substantivada ou não vier no fim de uma frase porque nesses casos não é uma palavra oxítona terminada na vogal tónica fechada -e. A pronúncia é diferente nesses casos, como se pode ver ao ler as seguintes frases:

1. O que significa isto?

2. Isto significa o quê?

3. Isto tem o seu quê de difícil.

Na frase 1, que (pronome interrogativo em posição de início de frase) termina numa vogal átona, ao passo que, nas frases 2 e 3, quê (respectivamente, pronome interrogativo em final de frase e substantivo) termina na vogal tónica fechada -e. O acento em 2 e 3 serve para mostrar esta diferença de tonicidade em relação a 1.