Confesso que esta pergunta me apanhou desprevenido. À partida, diria que se poderia dizer de ambas as formas, mas, com base em dois tipos de estratégias que usei, penso que a forma portuguesa mais correcta será polineuropatia amiloidótica.

Passo a explicar as duas estratégias:
Estratégia 1: Internet e Google

Através de uma pesquisa na Internet usando as ferramentas de linguagem do Google, verifica-se que em português, mais precisamente, nas páginas portuguesas da Internet, o termo «polineuropatia amiloidótica familiar» é empregue quase 10 vezes mais que o termo «polineuropatia amilóide familiar». Páginas em francês, relativas a França, só usam a expressão "polyneuropathie amyloide familial". Páginas espanholas usam mais
frequentemente o termo "polineuropatia amiloidotica familiar" do que "polineuropatia amiloide familiar", apesar de a diferença não ser tão marcada como nas referências de páginas portuguesas. Em inglês, a diferença entre o número de vezes em que é usada a expressão "familial amyloid polyneuropathy" e "familial amyloidotic polyneuropathy" é muito pequena.

Indo a páginas credíveis sobre doenças, como, por exemplo, o Orphanet ou o OMIM, verifica-se que em português o termo usado é «polineuropatia amiloidótica familiar»; em espanhol, "polineuropatia amiloide familiar"; em francês será "polyneuropathie amyloide familial", se bem que usem mais comummente a expressão "amylose de la transthyrétine" ou "amylose héréditaire"; e em inglês os termos usados são “amyloidosis ATTR (transthyretin-accumulation amyloidosis)”, “hereditary amyloidosis and portuguese amyloid neuropathies”. No OMIM parece ser este o termo preferido, mas no texto é
frequ[ü]entemente usado o termo "familial amyloidotic polyneuropathy".

Por aqui se poderia depreender que ambos os termos serão correctos, mas a expressão «polineuropatia amiloidótica familiar» é empregue com maior fequência e nas páginas mais formais parece ser esse o termo usado.

Saltando para a estratégia 2, que tem que ver com a análise linguística e para a qual conjuro a apreciação dos nossos linguistas, diria o seguinte:

Amilóide é um termo usado pelos histologistas para descrever uma substância identificada por determinados métodos de coloração histológica como sendo depósitos de proteínas várias. Esta palavra é usada quer como substantivo – «observam-se depósitos de amilóide» – quer, penso que mais frequentemente, como adjectivo –«observam-se depósitos de substância amilóide». Amiloidose (atenção ao sufixo -ose, traduzindo «disfunção ou doença normalmente degenerativa e progressiva», por oposição ao sufixo
-ite traduzindo inflamação ou doença inflamatória) refere-se à(s) doença(s) que se supõem ser causadas por esses depósitos. Os sintomas dessas doenças variam com a localização de tais depósitos, sendo que a polineuropatia ocorre associada a/causada pelos referidos depósitos em células que fazem parte dos nervos. Por isso penso que o termo polineuropatia amiloidótica [sendo o sufixo -ótica a conversão em adjectivo do sufixo substantivo -ose] traduz mais fielmente a situação como um tipo de amiloidose com compromisso preferencial dos componentes do sistema nervoso dito periférico.
Enquadra-se, pois, a polineuropatia no conjunto das amiloidoses.

O termo polineuropatia (e mesmo que o sufixo -patia também já traduza disfunção) amilóide apenas refere que é uma doença/disfunção do tal sistema nervoso periférico, depreendendo-se que causada/associada a depósitos de substância amilóide. Parece-me, portanto, menos correcto, por menos completo, pois não faz a integração deste tipo de doença com o conjunto das outras amiloidoses que o termo amiloidótica sugere.

No entanto admito discussão do assunto e não me parece que se possa dizer que é totalmente incorrecto o termo «polineuropatia amilóide familiar». Apenas se pode dizer que o termo alternativo será talvez mais correcto.

Isto é uma opinião pessoal que, de alguma forma, gostaria de ver validada pelos linguistas. Quanto à opinião de outros técnicos, acho que é de salientar o facto de os artigos publicados por autores portugueses em jornais de língua inglesa se referirem a esta condição como "familial amyloidotic polyneuropathy", o que me parece igualmente relevante.