(a) E é que fez mesmo!

(b) E não é que fez mesmo?!!

Ambas as frases estão correctas.

Na frase (b), temos a intensificação do que se diz com a presença do advérbio não.

A frase completa poderia ser assim, onde se vê melhor essa intensificação:

(c) E [então] não é [verdade] que fez mesmo?!

É claro que na frase (a), tal como na (b), também temos essa intensificação, mas com a expressão de realce é que.