O dístico é correto tal qual está na bandeira do Benfica. «E pluribus unum», o que significa um entre (ou dentre) muitos. Como é sabido, a língua usa, quase indiferentemente, a construção dire(c)ta e indire(c)ta da frase, sendo que o vernáculo prefere a indireta. Assim, o dístico benfiquista também poderia ter sido escrito «Unum e(x) pluribus». Mas a musicalidade da língua consagrou-o tal qual está no distintivo encarnado. A confusão pode ter advindo do e. Mas não existe tal, porque o e da preposição ex perde o x antes de palavras começadas por uma consoante. Pode o povo do Benfica continuar com o dístico do seu emblema, que está corre(c)to. Ao menos gramaticalmente...

N. E. (atualização em 24/05/2016) – A expressão é também um lema dos Estados Unidos da América, desde os fins do século XVIII. Segundo o Online Etymology Dicitionary, a expressão não foi criada no latim clássico, embora se assemelhe a uma frase do poema Moretum, atribuído a Virgílio (70 a. C. – 19 a. C.): «color est e pluribus unum» (literalmente, «a cor é (só) uma a partir de muitas»). A atual formulação do lema teria sido criada ou difundida no século XVIII pela Gentleman's Magazine, uma publicação britânica que durou quase 200 anos (de 1731 a 1922); após a independência dos EUA em 1776, a frase passou a figurar no chamado Grande Selo desse país (fonte: "E pluribus unum", artigo da  Wikipédia em inglês).