A expressão popular «estar/ficar/andar com a pulga atrás da orelha» (ou na orelha) significa «estar/ficar/andar com grande desconfiança ou preocupação; ter suspeitas de algo ou de alguém». Se o que entende por «ficar com dúvida» equivaler a «duvidar/desconfiar» de algo ou de alguém, o sentido é adequado.

cf.  Rir de nós próprios: 18 expressões portuguesas que não fazem sentido nenhum.