Um indivíduo afro-americano é, sim, um indivíduo americano de ascendência africana, com traços de negro. Mas o adjectivo/substantivo afro-americano não se aplica apenas a indivíduos, mas também a culturas, etc., e não tem uma conotação racista. Vejamos passo a passo o significado da palavra:

Afro é um adjectivo e substantivo masculino:

«1 diz-se de ou indivíduo dos afros
2  m. q. africano

n. adjetivo de dois gêneros e dois números

3 diz-se do que se inspira em modelos típicos da África negra
Ex.: <moda a.> <cabelo a.> <dança a.> <comidas a.>

Deriva de afros:
«n. substantivo masculino plural: antigo povo da África, do qual pouco se conhece, que deu origem ao nome do continente» 

Afro- pode também ser um elemento de composição para formar compostos como afro-americano, que  significa:

«1 relativo ou pertencente concomitantemente à África e à América, ou a africanos e a americanos
2  que constitui um amálgama das duas culturas
n. adjetivo e substantivo masculino
3  diz-se de ou o americano de ascendência africana, esp. negra
Ex.: música a.»

Resumindo, não há nada de mal nem de preconceituoso ou racista em utilizar os termos afro/ afro-. Afro é um adjectivo e designa «africano», podendo ser usado para caracterizar um estilo de moda (exemplo: «Moda afro »), de dança, etc. , e afro- é um elemento de composição que forma compostos como afro-americano, adjectivo relativo à África e à América que,  como explicitado acima, designa uma amálgama das duas culturas (africana e americana), ou um americano de ascendência africana. Outros compostos possíveis são: afro-ameríndio, afro-asiático, afro-baiano, afro-brasileiro, afro-cubano, etc., todos eles longe de terem uma conotação racista ou pejorativa.

Referências:

Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa + Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea + Dicionário Priberam + Dicionário Online de Português

Cf.  Afro-americanos