Eugénia [no Brasil, Eugênia] vem do nome grego 'Eugenía' («de origem nobre»), por via do latim 'Eugēnia', que era um antropónimo feminino e nome de santa festejada nos séculos VI e XII. O antropónimo masculino, Eugénio [ou Eugênio, no Brasil], tem a mesma origem: do grego 'Eugénios' («de origem nobre», «de alto nascimento»), por via do latim 'Eugēniu', nome de pessoa e de um santo da época.
Segundo José Pedro Machado (in Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa, Livros Horizonte, Lisboa), Eugénio ter-nos-á chegado pelo francês escrito ou pelo italiano («para a sua difusão não terá sido estranha a popularidade do célebre general Príncipe Eugénio [1663-1736]», acrescentando que, na Idade Média, começou por escrever-se "Ogenio".