O significado é similar. Se, em termos de geografia, a jusante (do francês "jusant", «maré baixa»), quer dizer «para o lado em que correm as águas de um rio, para o lado da foz», e a montante (provavelmente também do francês "montand", «que sobe») quer dizer «para o lado da nascente», na acepção genérica que pergunta usa-se uma e outra locução adverbial figuradamente, para acentuar o sentido oposto do que se está a expressar.
Por exemplo: «Os problemas com o túnel das Amoreiras acontecem quer a jusante [ou seja, depois da construção ou perto da conclusão desta] quer a montante [ou seja, antes da sua construção ou no arranque desta].»
É, pois, o mesmo que dizer: «quer antes, quer depois», «quer à frente, quer atrás», «quer à esquerda, quer à direita», «quer de um lado, quer de outro», etc.
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Cf.  Qual a diferença entre jusante e montante?