Antes de responder propriamente à sua pergunta, caro consulente, gostaria de me referir à frase que apresenta, que está construída de uma forma pouco elegante, dada a repetição do pronome «se» e sequência dos sons “s”, traduzindo-se num conjunto sonoro a evitar. A mesma ideia poderia ser expressa por uma das seguintes formas:
Recomenda-se que o arroz seja substituído por batatas.
Recomenda-se a substituição do arroz por batatas.
Independentemente da sua função sintáctica, as regras de colocação da partícula «se» são as seguintes:
O «se» coloca-se depois do verbo (posição enclítica), quando pertence a uma oração principal ou independente na forma afirmativa: «Recomenda-se a substituição», «Diz-se que vai chover», «Eles casaram-se», «Ele feriu-se».
O «se» coloca-se antes do verbo (posição proclítica) nas seguintes situações:
Nas orações subordinadas: «Penso que ele se feriu», «Queria que ele se casasse», «Quando se recomenda uma substituição, é preciso conhecer o assunto», «Como ele se foi embora, não sei onde estão os papéis».
Em frases negativas (com advérbios ou pronomes de valor negativo como não, nunca, jamais, nada): «Não se recomenda a substituição», «Ele nunca se feriu», «Eles não se casaram».
Em frases interrogativas iniciadas por pronomes ou advérbios interrogativos (quem?, porque?): «Quem se feriu?», «Onde se casaram eles?»
Quando a forma verbal é imediatamente precedida por alguns advérbios, como assim, também: «Assim se resolveu tudo», «Ele também se perdeu.»
Quando a forma verbal é precedida por um pronome indefinido (por exemplo, alguém, tudo): «Alguém se feriu», «Tudo se sabe».
Nas frases exclamativas, quando a forma verbal é precedida de partícula de realce: «Como ele se sentia feliz!»
Em frases optativas (que exprimem desejo, conselho...): «Deus se lembre de mim!», «Que se levante quem sabe!»
Em orações coordenadas sindéticas disjuntivas: «Ou se come, ou se fala», «Quer se esteja ao sol, quer à sombra, o calor é insuportável».
Com o gerúndio regido da preposição em: «Em se pondo o Sol, tudo parece mais triste», «Em se levantando, ele vai sentir-se melhor».

A colocação dos pronomes tem sido assunto tratado em diversas respostas, pelo que poderá consultar os seguintes verbetes: Colocação pronominal correcta; Se sente; Colocação pronominal, de novo; Pronomes clíticos.