A opção «não só x mas também y», sem vírgula, é, pelo menos, preferencial.

1. «Não só... mas também» constitui uma unidade: trata-se de uma locução conjuncional descontínua/correlativa.
2. «Não só... mas também» é uma locução conjuncional copulativa. A obrigatoriedade do uso da vírgula recai sobre as conjunções/locuções conjuncionais adversativas, não sobre as copulativas.
3. Em Mateus et al. (2003, p. 563) «não só... mas também» surge grafada sem vírgula, tanto na listagem das conjunções como nos exemplos respectivos.
4. Em Cegalla (1999, 2.ª ed., p. 276), na entrada «não só... mas também» todos os exemplos estão registados sem vírgula.