Segundo o Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa (vol. II), de José Pedro Machado, o apelido Magoito tem origem no topónimo com o mesmo nome de Castro Marim ou de Sintra.
Como ocorre com frequência, este deve ser um dos apelidos que resultam do nome dado a alguém que morava em Magoito. Repare-se na citação apresentada por José Pedro Machado: «morador em Magoute».