Ambas as construções são correctas. Por isso escolher-se-á a que nos soar melhor. Mas há frases em que só é correcto de ou em.

a. Tenho dificuldade em caminhar.
b. Tiveste dificuldade na (= em a) compreensão deste livro?
c. Já não tenho dificuldade de respirar.
d. Há dois meses tínhamos dificuldade de passar por aqui.
e. Ele tem dificuldade nos (= em os) movimentos.
f. A Maria tem dificuldade em compreender a matemática.

1. A dúvida em empregar a preposição em ou de provém, muitas vezes, de nos soar mal o seguimento dos quatro dês em dificuldade de, e principalmente da proximidade dos três últimos dês.
      Vejamos então:
      Na frase a., tanto é correcto empregarmos de ou em.
      Na frase b., é preferível empregarmos em, porque temos dificuldades nisto (= em isto) ou naquilo, isto é, em + substantivo.
      Nas frases c. e d., tanto é correcto usarmos em como de, mas na d., talvez melhor de.
      Na frase e., ficaria mal a preposição de: Ele tem dificuldade dos movimentos.
      Na frase f., fica melhor a preposição em.
      Isto não é lá muito fácil.