Dos três adjectivos que nos apresenta — literado, literato e literatado — só literato está dicionarizado, do que se depreende que esse é o único desses termos que tem legitimidade, a par de outra palavra com o mesmo valor que não é enunciada pela consulente — letrado.
Segundo o Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa (2005), literato é um «cultismo, cujo divergente vulgar é letrado», pois as duas palavras têm o mesmo étimo latino, «litteratus, relativo às letras, instruído, sábio» (Dicionário Etimológico da Língua Portuguesa, de José Pedro Machado, 1990). Tanto uma como a outra podem ser adjectivos e/ou substantivos, e o seu sentido gira à roda do campo semântico da cultura, do conhecimento (sobretudo literário), do domínio de alguma área do saber. Por isso, literato e letrado significam1 «que ou aquele que possui muitos conhecimentos de literatura; aquele que cultiva a literatura; aquele que possui ou denota cultura; instruído; sábio; douto; erudito», tendo como antónimos «ileterato, ignorante, iletrado».
Portanto — e uma vez que os dicionários não registam literado nem literatado — concluímos que a formulação correcta é a 2.ª apresentada — «um cidadão cientificamente literato» — e também uma outra — «um cidadão cientificamente letrado».
1 Fontes: Grande Dicionário da Língua Portuguesa, de Cândido de Figueiredo (1986), Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa (2005), Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea, da Academia das Ciências de Lisboa (2001), e Novo Grande Dicionário da Língua Portuguesa, da Texto Editora (2007).