A forma deveria ser Parati, mas há de facto a tradição de escrever Paraty, de que os paratienses parecem muito ciosos. Note-se que na norma ortográfica que esteve em vigor no Brasil até 2009, ou seja, no Formulário Ortográfico de 1943 (FO43), se estipulava que os nomes locativos, entre os quais se incluem os topónimos, se sujeitavam às mesmas regras que os nomes comuns (XI, 39): no entanto, ao mesmo tempo, abria-se a possibilidade de certos topónimos verem aceites formas gráficas consagradas pela tradição (XI, 42):
«Os topônimos de tradição histórica secular não sofrem alteração alguma na sua grafia, quando já esteja consagrada pelo consenso diuturno dos brasileiros. Sirva de exemplo o topônimo Bahia, que conservará esta forma quando se aplicar em referência ao estado e à cidade que têm esse nome.»
Esta disposição não se aplicava a derivados, pelo que os respetivos gentílicos seguiam as regras gerais: baiano, paratiense (tal como se escreve atualmente).
Parati/Paraty tem sido um caso enquadrável nesta exceção, em resultado de certos acontecimentos ocorridos nos anos 40, segundo relato disponível no sítio Paraty.tur.br, que defende a posição segundo a qual a grafia Parati é incorreta, porque, no contexto da já citada secção XI, 42 do FO43, tornava-se legítimo continuar a escever Paraty, forma que remontava à transcrição de parati, em tupi o mesmo que «água do peixe (chamado) parati», como Paraty por parte dos evangelizadores jesuítas do século XVI.
Ora, sendo o novo acordo ortográfico omisso sobre tais exceções no onomástico, é legítimo supor que, não estando previstas, Bahia ou Paraty passariam respetivamente a Baía e Parati. Mas não é isso que se verifica: Bahia e Paraty continuam a ser grafias ampla e oficialmente utilizadas no Brasil, em especial na administração local (cf. sítios do governo do estado da Bahia e da prefeitura de Paraty).
É de notar, mesmo assim, que Bahia e Paraty não têm o mesmo estatuto entre os lexicógrafos. Com efeito, em certos dicionários (Houaiss, por exemplo) usa-se a forma Bahia na definição de baiano, mas já o mesmo não sucede no verbete de paratiense, no qual se inclui a forma Parati, de acordo com a norma.