No Brasil, a Academia Brasileira de Letras é a maior autoridade da língua portuguesa. Assim, marca-passo parece-me a grafia preferível, pois é ainda a registada no Dicionário Eletrônico Houaiss. Este dicionário diz também que o plural é marca-passos. Por outro lado, considera que «a grafia aglutinada marcapasso é forma usual, mas não preferível (a exemplo de pára-quedas, pára-lama, tira-gosto, manda-chuva etc.)».
Marca-passo é vocábulo da fisiologia, tratando-se de «qualquer estrutura somática que tenha a função de estabelecer e manter uma atividade rítmica».