Vou começar por abordar a origem de Sebastião, porque assim poderei tratar da questão do plural do nome com mais clareza.

Segundo José Pedro Machado (Dicionário Onomástico Etimológico da Língua Portuguesa), Sebastião aparece em português mediante o latim Sebastiānu-, latinização do grego Sebastianós, derivado de sebastós, «augusto, digno de veneração». Este nome teve as variantes Sauaschãão e Sebachão na Idade Média. Também foi e é usado como apelido, e dele também derivou um patronímico medieval: Sauaschãaez, Sauhaschaes e Sauaschaiz.

Se o étimo latino de Sebastião é Sebastianu-, então, a haver plural, obteríamos a seguinte correspondência: lat. Sebastianos > port. Sebastiãos. Mas se João permite o plural Joões, apesar da etimologia, que faria supor Joães (João < Johanne, Joães < Johannes), eu diria que que Sebastiões é não só forma possível, mas até preferencial. Por outras palavras, parece que os nomes próprios acabados em -ão têm tendência a formar um plural não etimológico em -ões.