Como, infelizmente, o prof. F. V. Peixoto da Fonseca já não está entre nós, cabe-me a mim dar a resposta, que será muito breve. Assim:
1. Não sei a que documento dos frades Crúzios o consulente da pergunta em causa se refere. Teria sido necessário dar a indicação precisa de onde se encontra o contexto de ocorrência de Eije e Foixe e datá-lo.
2. A forma Foixe é compatível com a etimologia proposta por F. V. Peixoto da Fonseca, uma vez que não é impossível, por exemplo em documentos medievais, que x represente o segmento [Ʒ], pelo menos, sugerindo uma forma já foneticamente mais próxima de Foja.
3. Mais complicado se torna relacionar Eije com Foixe ou Foja, porque, do ponto de vista diacrónico, não tenho conhecimento de processos de alteração fonética que envolvam a adição do segmento [f] em princípio de palavra, a não ser que a analogia tenha intervindo na formação do topónimo, e, nesse caso, seria de considerar a hipótese avançada na pergunta original.
Em suma, não tenho elementos que me permitam dar uma resposta mais conclusiva.
