Depende muito do tipo de realidade médica que pretende referir.

Anomalia está registado no Dicionário de Termos Médicos, de Manuel Freitas e Costa, com o significado de «diferença em relação ao que se considera normal» (do grego anōmalía, «desigualdade»). Há depois vários termos médicos que incluem anomalia: anomalia de Alder, anomalia de Neuhauser, anomalia de Rayleigh, anomalia de Uhk, anomalia de Undritz (cf. idem). Verifica-se ainda que anomalia ocorre abundantemente na rede, em sítios de divulgação de cuidados de saúde; ex.:

(1) «Nos 2 tipos de exame de Papanicolau, o laboratório analisa ao microscópio as células nas lâminas para detecção de quaisquer anomalias» (InfoCancro).

(2) «Se o risco de ter um filho com uma anomalia genética ou cromossómica for elevado, podem-se fazer testes antes do nascimento (diagnóstico pré-natal)» (Manual Merck – Manual Médico Online).

Anormalidade parece usar-se muito menos, mas o já citado Dicionário de Termos Médicos regista-o como sinónimo de anomalia. No entanto, é de notar que é muito frequente o adjetivo anormal em textos do âmbito da medicina.