1. Os funcionários beneficiaram-se com o processo. A frase mostra que proporcionaram benefício a si mesmos. Aqui não me parece bem o uso da preposição de.

2. Os funcionários beneficiaram do processo (ou com o processo). Indica que não intervieram em ajuda própria, não se mexeram para isso. A preposição é indiferente, o reflexo está ausente.