A preposição com é a mais adequada a estes contextos porque já na língua latina esta preposição regia o caso ablativo que passou a incluir muitas aplicações do caso instrumental.
As preposições a e por também são usadas nestes contextos. Estabelecem, no entanto, a relação entre aplicação e o instrumento de uma maneira menos concreta. São formas aceites, nomeadamente pelos profissionais.
A preposição com será, naturalmente, a melhor na maior parte dos casos. A análise circunstancial da aceitabilidade por parte dos destinatários da mensagem poderá ajudar à escolha da preposição a utilizar.