O fonema refere a unidade mínima do sistema fonológico, que pode também designar-se como som da fala. 

As duas palavras, bebê (Brasil)/ bebé (Portugal) e bebe têm quatro fonemas: uma vez que o fonema é o som da fala, temos aqui quatro sons: /b/; /e/; /b/; /e/ ou /ɛ/ ou /i/ ou /ɨ/ 

1. bebê no Brasil: consoante oclusiva bilabial /b/; vogal oral subtó(ô)nica¹ /e/; consoante oclusiva bilabial /b/; vogal oral tónica /e/ 

    bebé em Portugal: consoante oclusiva bilabial /b/; vogal oral subtó(ô)nica /ɛ/; consoante oclusiva bilabial /b/; vogal oral tónica /ɛ/ 

2. bebe no Brasil: consoante oclusiva bilabial /b/; vogal oral tónica /ɛ/; consoante oclusiva bilabial /b/; vogal oral átona /i/ 

    bebe em Portugal: consoante oclusiva bilabial /b/; vogal oral tónica /ɛ/; consoante oclusiva bilabial /b/; vogal oral átona /ɨ/ 

¹ Alguns autores (veja-se Bechara, Cegalla e Luft) citam um terceiro tipo de vogal quanto à intensidade, as subtó(ô)nicas:«além da tônica, uma vogal de grande intensidade, a qual recebe o nome de vogal subtônica.», Moderna Gramática Portuguesa, Ivanildo Bechara.

Fonte: Nova Gramática do Português Contemporâneo, Celso Cunha e Lindley Cintra