Nas fontes de que dispomos não encontramos nem registo da palavra em apreço, nem informação que a esclareça cabalmente. Pelo contexto citado na pergunta, pode supor-se que significa «amargurado» ou «ressabiado» (Jorge Amado, Jubiabá, São Paulo, Companhia das Letras. p. 191):

«— Esse mundo é ruim — cuspiu o velho com raiva. — Nós nasce para sofrer…
— A vida é boa, velho… Você fala porque tá incongruado… — o ex-soldado riu.»

Note-se que, na edição consultada, a forma do vocábulo em questão é "incongruado", e não "encongruado".

Considerando uma forma ou outra, cumpre salientar a forma da sequência -congr-, identificável com incôngruo, sinónimo de incongruente. É de supor um verbo derivado, "incongruar", do qual "incongruado" seria particípio passado, eventualmente usado adjetivalmente. De qualquer modo, a falta de registos da palavra não permite confirmar esta hipótese.