Dizemos informar alguém «de alguma coisa», «acerca de alguma coisa», «a respeito de alguma coisa».

Sempre a preposição de, quando dizemos a entidade que informamos e aquilo de que a informamos. Sendo assim, o correcto é:

a) Informo V.Ex.ª de que hoje falto ao serviço.

V. Ex.ª é o complemento directo de informo.

De que hoje falto ao serviço é o complemento circunstancial de assunto de informo. É uma oração integrante.

Quando a frase não menciona a entidade a quem informamos, não se emprega a preposição de, porque a oração integrante passa a desempenhar a função de complemento directo:

b) Informo que hoje falto ao serviço.