Quando um verbo rege uma preposição, essa preposição ocorre imediatamente antes do núcleo do complemento [que constitui um sintagma preposicional, com função de complemento preposicionado]. Assim sendo, creio que a expressão correcta é «ir atrás seja de quem for», pois o núcleo do complemento é o relativo adverbial com valor indefinido quem. Em relação à segunda expressão existe outra que lhe é equivalente e que cumpre a exigência de contiguidade entre a preposição e o complemento que ela introduz: «ir atrás de quem quer que seja».
Note-se que com muito outros verbos que regem preposição ocorrem palavras que se interpõem entre o verbo e a sua preposição:
Gosto muito deste livro (gostar de).
Falou claramente dos últimos incidentes (falar de).