Não confirmo as estimativas sobre a frequência dos termos em causa na Internet. Numa busca feita com o Google, pude obter os seguintes resultados:

                        domínio .pt           domínio .br

«matéria escura»:   38 200              202 000

«energia escura»:   34 800              174 000

«matéria negra»:    77 700               556 000             

«energia negra»:    81 000               641 000

«Matéria/energia negra» tem mais resultados que «matéria/energia escura». Há, portanto, uma nítida preferência pelo uso das expressões «matéria negra» e «energia negra» tanto nas páginas portuguesas como nas páginas brasileiras.

No entanto, o Dicionário Houaiss (versão brasileira) consagra a expressão «matéria escura» (ver matéria) como termo da astrofísica, definindo-o como «certa matéria existente no universo e de natureza ainda desconhecida até o fim do s[éculo] XX, que interage com a matéria ordinária (bariônica), segundo se crê, devido à gravidade». Quanto ao português europeu, consulto em linha um projecto de investigação candidato ao financiamento da Fundação para a Ciência e para a Tecnologia apenas, e encontro só «matéria escura» e «energia escura» (com o que parece uma variante «energia não luminosa»), sempre termos equivalentes, respectivamente, a «dark matter» e «dark energy» na versão em inglês do mesmo proje{#c|}to.

Cabe aqui assinalar que o inglês dark se traduz habitualmente por escuro ou sombrio, e black, por negro, preto (cf. The Oxford Portuguese Dictionary). Dado que as expressões inglesas incluem dark e não black, seria de esperar que a tradução mais adequada fosse «matéria/energia escura», e não «matéria/energia negra».

Em suma, parece que «matéria escura» e «energia escura» vêm a ser os termos mais correctos quer em Portugal quer no Brasil. Contudo, em ambos os países, o uso prevalecente é o de «matéria negra» e «energia negra». Melhor será o consulente, que é doutorando, saber quais os termos preferidos na instituição de acolhimento da sua investigação.