Não é fácil dar uma resposta. Há quem defenda que se deve escrever agrocomercial, porque se trata de um prefixo com características especiais (pseudoprefixo), de acordo com a classificação de Celso Cunha e Lindley Cintra (Nova Gramática do Português Contemporâneo, Lisboa, João Sá da Costa Editores, pág. 114). Mas, segundo Rebelo Gonçalves (ver Vocabulário da Língua Portuguesa, de 1966, e Tratado de Ortografia da Língua Portuguesa, 1947, págs. 216-217), agro- é um «elemento de natureza adjectiva» terminado em -o; além disso, este lexicógrafo deixa explícito que se emprega sempre hífen com a forma reduzida de certos elementos de natureza adjectival, para logo a seguir apresentar o seguinte exemplo: «"agro-pecuário" ("agro-", por "agrícolo-") [...]» (idem, ibidem). Considero, portanto, que o elemento agro- se usa sempre com hífen, se for seguido por uma forma adjectiva (por exemplo "pecuário").

Consultando dois dicionários portugueses, o Dicionário da Língua Portuguesa (Porto Editora, 8.ª edição) e o Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea, da Academia das Ciências de Lisboa, constatamos que, embora ambos pareçam seguir o preceito de Rebelo Gonçalves, há alguma divergência. O dicionário da Porto Editora escreve agro-pecuário, e logo depois agroquímico, mostrando que não tem critério na aplicação do hífen a estas formas, uma vez que se esperaria que as duas apresentassem este sinal.
O dicionário da Academia é consistente, pois regista agro-pecuário e agro-químico, em conformidade com o preceito e o modelo de Rebelo Gonçalves.

Recomendo, pois, que se use agro-comercial, dada a existência de um modelo explícito (agro-pecuário) nas bases da ortografia ainda em vigor em Portugal (a do Acordo de 1945).