É verdade que inato, na acepção de «congénito», é sinónimo de nato, mas diverge semanticamente deste quando significa «não nascido» (ver Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea, da Academia das Ciências de Lisboa). Assinale-se que, neste caso, a relação de antonímia se estabelece com outra das acepções de nato, «nascido».

A diferença terá surgido com o aparecimento de 'innatus', «não nascido» em latim tardio, segundo o Dicionário Houaiss da Língua Portuguesa (versão brasileira). Repare que a forma prefixal 'in-' em latim tanto significa «em», «sobre» (e daí 'innatus' na acepção de «inerente, congénito»), como «privação, negação». Trata-se, portanto, de um caso de homonímia entre prefixos.