As vírgulas servem sobretudo para delimitar orações e, em alguns casos, para dar ênfase a um complemento ou para assinalar uma sucessão de elementos. A este respeito, é auxiliar precioso a "Guia Alfabética de Pontuação", de Rodrigo Sá Nogueira.

1. Na alternativa que apresenta, tanto na primeira como na segunda proposição, um verbo está no feminino e o outro no masculino. Precisávamos da frase completa.

2. Quanto à vírgula que lhe suscita dúvidas, parece-me melhor a segunda proposição. Mas talvez assim (depois de rectificada a concordância):

"Submetida à votação, a proposta foi aprovada com votos do PS, a favor, do PSD e do PP, contra, e do PCP, que se absteve."

Ou assim:

"Submetida à votação, a proposta foi aprovada com os votos do PS, a favor; do PSD e do PP, contra; e do PCP, que se absteve."

Dividamos as orações: "Submetida à votação, / a proposta foi aprovada com (...)." Parte da primeira oração está subentendida: "A proposta foi submetida à votação pelo presidente da mesa." A vírgula é necessária para que a primeira e a segunda oração fiquem delimitadas.

3. No caso apresentado, podemos pôr ou não vírgula antes da preposição com. Mas aqui é problema de estilo.