Uma secretária e uma assistente têm em comum o facto de darem apoio profissional a alguém.

Quanto à diferença: enquanto uma secretária exerce funções de secretariado, dando apoio essencialmente administrativo (ocupa-se da redacção, da organização e do funcionamento de um determinado serviço administrativo), assistente é um termo mais abrangente: trata-se de um profissional que pode dar assistência em diferentes áreas: assistente de bordo, assistente social, assistente em programas de TV, médico-assistente, professor-assistente, etc., etc.