Das duas frases que apresenta como exemplo, considero que está correcta a segunda:
   "Sejam lá quais forem as dificuldades encontradas."
   De facto, "sejam" é a 3.ª pessoa do plural do conjuntivo presente do verbo ser, sendo "lá" uma palavra denotativa de realce. Por outro lado, "seja...seja" são conjunções coordenativas de valor alternativo, indicando que ao cumprir-se um facto o outro não se cumpre, mas não têm este valor em qualquer das frases que escreveu.