Como se diria:
"seja lá quais forem as dificuldades encontradas"
ou
"sejam lá quais forem as dificuldades encontradas"?
Me parece que aqui "seja" não é o conjuntivo do verbo "ser" mas uma conjunção concessiva com o sentido de "indiferentemente às....", "sem levar em conta as..."
(aliás, Almeida, em sua Gramática Metódica da Língua Portuguesa, registra "seja que" como conjunção concessiva – embora cale-se sobre a forma "seja lá").
Das duas frases que apresenta como exemplo, considero que está correcta a segunda:
"Sejam lá quais forem as dificuldades encontradas."
De facto, "sejam" é a 3.ª pessoa do plural do conjuntivo presente do verbo ser, sendo "lá" uma palavra denotativa de realce. Por outro lado, "seja...seja" são conjunções coordenativas de valor alternativo, indicando que ao cumprir-se um facto o outro não se cumpre, mas não têm este valor em qualquer das frases que escreveu.
