O que justifica o uso da partícula se e não que é o facto de a expressão «ser claro» estar negada, veiculando não uma ideia de certeza, mas de incerteza, ou dúvida. É o que acontece, por exemplo com o verbo saber:

(1) «Sei que chegaste a horas.»
(2) «Não sei se chegaste a horas.»

Note-se que a completiva associada à expressão «é claro» lhe serve de sujeito:

(3) «Não era ainda claro se este processo ia/iria decorrer em paralelo com o de Dujail.»
(3.1) «Isso não era claro.»

A par do uso de se, que despertou o interesse da consulente, há nesta frase aspectos que merecem uma observação. São eles o uso concomitante dos tempos verbais, ou seja, a necessidade de manter a coesão textual, respeitando a relação temporal adequada entre os verbos utilizados. Usando «Se não era claro», o foco da narrativa situa-se no passado, e os tempos verbais deveriam, todos, veicular o mesmo ponto de vista. Repito como (4) a frase citada e reescrevo-a em (5) com a alteração dos tempos verbais:

(4) «De acordo com a BBC, não era ainda claro se este processo vai decorrer em paralelo com o de Dujail [...] ou se apenas começará depois deste.»
(5) «De acordo com a BBC, não era ainda claro se este processo ia/iria decorrer em paralelo com o de Dujail [...] ou se apenas começaria depois deste.»

O uso do condicional não corresponde, aqui, a um modo, mas a um tempo que, no passado, permite indicar o futuro, designado por muitos gramáticos como futuro do pretérito. Muitas vezes o imperfeito é utilizado com valor próximo, pelo que se apresenta em alternativa no segundo verbo (ia/iria). Temos, de qualquer forma, presentes três momentos distintos do passado:

O mais antigo: não era claro;
Um intermédio, mas futuro em relação ao anterior: ia decorrer (prefiro esta forma);
Outro futuro em relação aos dois anteriores: começaria.