Quando analisamos a composição de uma palavra, importa ter em conta se a palavra evoluiu na língua portuguesa, ou se a sua evolução é anterior. No caso da palavra impedimento [do latim impedimentu(m), resultante da queda do m final do acusativo], poderemos dizer que, em português, ela não tem, ou não adquiriu, prefixo.

Se tivermos em conta o historial global da palavra, veremos que ela é um nome deverbal, que evoluiu, ou se formou, a partir do verbo impedire. Este, por sua vez, é uma palavra derivada em que entra o prefixo in: in + pes, pedis (pé). 

No latim, a palavra impedimentu tem um prefixo (in) e um sufixo (mentu). Ao português ela chegou já com a estrutura que apresenta, não tendo sofrido qualquer evolução.