Não se sabe ao certo a origem da Tróia portuguesa, embora se saiba que é um mito a fundação de Lisboa por Ulisses (o topónimo seria antes de origem fenícia: ‘Alis-ubbo’, «enseada amena»; cf. João Fonseca, Dicionário do Nome das Terras). É, portanto, improvável a ligação directa de Tróia (Setúbal) aos Gregos, pelo menos, os do tempo de Ulisses.

Segundo José Pedro Machado, no Dicionário Onomástico-Etimológico da Língua Portuguesa, Tróia é um topónimo que não é exclusivo da zona de Setúbal (Portugal); surge também noutras regiões portuguesas: «[…] Castelo de Paiva, Celorico da Beira, Grândola, Lisboa (Quinta da Tróia), Loures (pinhal em Caneças), Loulé, Melgaço, Miranda do Corvo, Seixal». Regista-se ainda uma Troya na Galiza (Lugo) e o lugar de Tróias, em Valença, no Norte de Portugal (idem).

Machado sugere que a célebre Tróia da Ilíada e a de Setúbal terão contribuído para os outros casos dispersos por Portugal. Quanto à origem, considera que é nome antigo e, apoiando-se num artigo da Grande Enciclopédia Portuguesa e Brasileira, refere a possibilidade de a Tróia portuguesa ter-se originado em Cetóbriga (*Cetóbria – *Cetróbia – *Cetróia (*Xetróia) – Atróia, mas esta série oferece inúmeras dificuldades fonéticas). Outras hipóteses registadas por Machado: o nome tem origem no francês Troyes (Aube) ou Truyes (Indre et Loire); a origem é o latim ‘Trogia (villa)’, expressão derivada do antropó[ô]nio de origem céltica ‘Trogus’.

O Diccionario Chorographico de Portugal, de F. A. de Matos (1889), confirma a existência de duas povoações com este nome no século XIX, grafando-o “Troia”: uma, na freguesia e concelho de Miranda do Corvo; e outra na freguesia de Alvaredo (há dois lugares com este nome no dicionário, sem que se diga se este “Alvaredo” fica no concelho de Ponte da Barca ou no de Melgaço).