Começando pelos dicionários médicos, o Dicionário de Termos Médicos, de Manuel Freitas e Costa (Porto Editora), diz que cisto é «forma gráfica ou oral preferível a quisto» e acrescenta que vem «do gr[ego] kystis "saco, quisto, bexiga"»; e considera quisto, também com origem no «gr[ego] kystis», «o mesmo que cisto (forma preferível)». Já o Dicionário Médico, de Ludmila Manuila, Alexandre Manuila, P. Lewalle e M. Nicoulin (Climepsi Editores, Lisboa), não acolhe cisto, mas regista quisto, dizendo que se trata de «tumor benigno formado num órgão por uma cavidade delimitada por uma parede e cheio de uma substância líquida, mole ou, raramente, sólida».

O Dicionário da Língua Portuguesa 2008, da Porto Editora, embora registe cisto, remete-nos para quisto, a forma que considera preferível.

Por sua vez, o Dicionário Eletrônico Houaiss (brasileiro) regista o termo quisto e considera-o, em patologia, «f[orma] não pref[erível] e mais us[ada] que cisto».

Como vê, mesmo dois dicionários da mesma editora têm preferências diferentes relativamente a estes termos.