O consulente apresenta exemplos anteriores ao próprio acordo que vai deixar de estar vigente, o de 1945 (AO 45). Sucede que, neste mesmo acordo, já os compostos, pelo menos, designativos de espécies botânicas, que incluíam uma preposição ou a contração de preposição com artigo, eram apresentados com hífen, ao lado de outros compostos sem esse elemento de ligação (Base XXVIII):

«Emprega-se o hífen nos compostos em que entram, foneticamente distintos (e, portanto, com acentos gráficos, se os têm à parte), dois ou mais substantivos, ligados ou não por preposição ou outro elemento, um substantivo e um adjectivo, um adjectivo e um substantivo, dois adjectivos ou um adjectivo e um substantivo com valor adjectivo, uma forma verbal e um substantivo, duas formas verbais, ou ainda outras combinações de palavras, e em que o conjunto dos elementos, mantida a noção da composição, forma um sentido único ou uma aderência de sentidos. Exemplos: [...] brincos-de-princesa, [...] erva-de-santa-maria, [...] rainha-cláudia, rosa-do-japão, [...] amor-perfeito, [...] bem-me-quer, bem-te-vi.»

Trata-se, portanto de uma escolha que, na prática, não tem verdadeiramente origem no Acordo Ortográfico de 1990 (AO 90), mas, sim, no AO 45. Contudo, o uso de hífen em compostos com formas de ligação não é um preceito explicitado nem generalizado pelo acordo em apreço; de facto, a lexicografia produzida durante o período de vigência do AO 45 apresenta formas com elementos de ligação hifenizadas e não hifenizadas: por exemplo, o dicionário da Academia das Ciências de Lisboa regista a entrada galinha-do-mato, com hífen, mas tem como subentrada pombo de leque; quanto a espécies botânicas, consigna entradas com hífen: árvore-da-borracha, erva-da-fortuna, erva-de-são-roberto, urtiga-do-mar. Do AO 90, parece, portanto, não o uso do hífen neste tipo de vocábulos, mas, sim, a sua generalização.

Relativamente a saber o motivo do uso do hífen nestes casos, procurei obter alguma informação no Tratado de Ortografia da Língua Portuguesa (1947), de Rebelo Gonçalves, e no Vocabulário Ortográfico Resumido da Língua Portuguesa (1940), mas nada consegui apurar.

Cf.  Base XV – Hífen em Compostos, Locuções e Encadeamentos Vocabulares