Não há regra que determine quando usar -ção ou -mento: muito depende da escolha por um ou outro sufixo em dado momento da história da língua e da fixação dessa escolha no uso. Por exemplo, para designar o ato de afundar, diz-se afundamento, e não *"afundação"; mas para nomear o processo de evacuar, não se usa *"evacuamento", mas, sim, evacuação. Há também casos, em que o léxico disponibiliza os dois derivados, muitas vezes com significados ligeiramente diferentes: abonação e abonamento (o primeiro tem mais aceções que o segundo; cf. Dicionário Houaiss).

Note-se que estes sufixos se juntam ambos a um tema verbal (a forma que fica depois de retirado o morfema -r, relativo à flexão de infinitivo) para formar substantivos:

organiza(r)+ -ção → organização

estaciona(r) + -mento → estacionamento