Não conheço regras estritas sobre o uso de parênteses no caso que apresenta. Os parênteses podem usar-se ou não – o que importa é manter o mesmo critério ao longo de um trabalho (artigo ou monografia).

Por exemplo, verifico que na obra de Bento XVI Jesus de Nazaré (Lisboa, A Esfera dos Livros, 2007) se usam parênteses com as referências do livro, do capítulo e do(s) versículo(s) donde a citação provém; p. ex. (idem, p. 222; Mt = «Evangelho de São Mateus», 9 = «capítulo 9», 38= «versículo 38»):

«É daqui que se deve partir para compreender a palavra de Jesus: "Rogai ao Senhor da messe que envie trabalhadores para a sua messe" (Mt 9, 38).»

Mas não encontro fonte na qual se considere condenável apresentar a citação assim:

«É daqui que se deve partir para compreender a palavra de Jesus: "Rogai ao Senhor da messe que envie trabalhadores para a sua messe" Mt 9, 38.»

Repito: deve-se sempre definir um critério e aplicá-lo com coerência a todas as citações feitas ao longo do mesmo trabalho.

Cf. As línguas da Bíblia