Ambas as formas estão dicionarizadas, figurando cocuruta com a indicação de ser sinónimo de cocuruto (cf. Dicionário Houaiss). Podem, portanto, as duas formas ser usadas indiferentemente – o que não impede que uma, cocuruto, seja mais usada.
José Pedro Machado, no Grande Dicionário da Língua Portuguesa, regista cocuruto com as seguintes aceções: «a parte mais alta, o ponto mais elevado duma coisa; vértice»; «o alto da cabeça»; «a giba [= bossa] do zebu»; «calombo» (= proeminência; a palavra ocorre erradamente como "balombo"); «elevação em forma cónica de alguns montes ou colinas»; «saliências de terreno; os altos de uma coxilha». Na mesma fonte, o vocábulo cocuruta aparece descrito como sinónimo do cocuruto, podendo embora ser usado como designação de um peixe de Portugal que o lexicógrafo não identifica (idem).1
Assinale-se que, nas fontes consultadas, é a entrada cocuruta que remete para cocuruto, deixando concluir que é esta última a forma favorecida pelos lexicógrafos. É também a forma mais usada, como revela uma consulta do Corpus do Português, de Mark Davies e Michael Ferreira, no qual cocuruto ocorre 22 vezes (incluindo a forma de plural), enquanto cocuruta conta apenas uma ocorrência.
1 O Dicionário Houaiss acolhe cocoruto, como o mesmo que vértice e sendo de origem obscura, geralmente ligado a coco e a cocuruto. O dicionário de Machado não inclui tal forma, nele somente existindo a entrada cocuruto, que abrange a aceção de «vértice». Refira-se ainda a variante coruto, que, além das aceções de cocuruto, tem também significação própria – «inflorescência terminal do milho e de outras gramíneas, semelhante a um penacho» – e, se não se tratar de homonímia, é usado como designação de uma peixe chamado caparari (Pseudoplatystoma tigrinum).