1. A forma Papanicolau é o aportuguesamento de Papanikolaou, transliteração em alfabeto latino do nome grego (Γεώργιος) Παπανικολάου. Atualmente, é verdade que os antropónimos estrangeiros não se adaptam ao português (são ainda exceção os nomes de membros das casas reais, embora o uso tenda a mudar). No entanto, acontece que este caso é também excecional e se encontra hoje adaptado ao português como Papanicolau como nome que identifica um exame médico. Sendo assim, parece-me que Papanicolau é forma legítima, sobretudo em referência ao exame médico.

2. Como nome próprio que é, a transliteração internacional dispensa o itálico.

3. Não há nome especial para o contraste mencionado na pergunta, embora em muitas línguas se aprecie que entre a fonia e a grafia a relação nem sempre é consistente (cf. inglês e francês). No caso da transliteração do grego, ou costuma corresponder ao u português.