A forma registada pelo Dicionário Houaiss é aldeense.* Esta forma é a mais correta e pressupõe considerar que o radical de aldeia é alde-, ao qual se associa o sufixo -ense. Daí aldeense. Não se trata, portanto, de um caso com incidência na ortografia, mas, sim, respeitante à formação de palavras. De notar que, noutras palavras derivadas, o i de aldeia também se perde: aldeão.

* É também a forma usada na página da prefeitura de São Pedro da Aldeia: «[...] a terra aldeense refletiu em sua epopeia, em seu pequeno microcosmos, as fases pelas quais passou o próprio Brasil.»