A palavra indígena vem do «lat[im] indigĕna,ae "natural do lugar em que vive, gerado dentro da terra que lhe é própria", der[ivação] do lat[im] indu arc[aico] (como endo) > lat[im] cl[ássico] in- "movimento para dentro, de dentro" + -gena der[ivação] do rad[ical] do v[erbo] lat[ino] gigno, is, genŭi, genĭtum, gignĕre "gerar"; (...) ; f[orma] hist[órica] 1552 indigenas, 1813 indígena». Significa «relativo a ou população autóctone de um país ou que neste se estabeleceu anteriormente a um processo colonizador» ou «relativo a ou indivíduo que habitava as Américas em período anterior à sua colonização por europeus»; por extensão de sentido (uso informal), é «que ou o que é originário do país, região ou localidade em que se encontra; nativo».

Quanto a indigente, deriva do «lat[im] indĭgens,entis "que tem falta de, necessitado", part[icípio] pres[ente] do v[erbo] lat[ino] indĭgeo,es,ui,ĕre "ter falta de, estar desprovido, necessitar, carecer", este formado de indu arc[aico] (como endo) > lat[im] cl[ássico] in "movimento para dentro, de dentro" + o v[erbo] egēre "ter falta de, estar privado de, estar ou ser pobre, viver na pobreza"». Significa «que ou aquele que vive em indigência, sem condições de suprir suas próprias necessidades; miserável, necessitado, pobre».

[Fonte: Dicionário Eletrônico Houaiss]