Muito obrigado pelas suas observações, mas acho que elas confirmam afinal o que expliquei na resposta em causa. O caso de Cipriano/Cibrão (e não "Cibrião") é certamente o de palavras divergentes, em que uma delas, Cibrão (também se encontra o topónimo São Ciprião), é de facto um arcaísmo. Mas é preciso notar que os topónimos tendem a fixar formas arcaicas, que documentam fases passadas da história da língua. Assim, em contraste com a forma erudita Cipriano, Cibrão indicia uma série de fenómenos fonéticos típicos da fase galego-portuguesa (anteriores ao século XIII):
a) sonorização de consoante surda entre vogal e vibrante (p. ex. -ipr->-ibr- como em Ciprianu- > Cibrão);
b) e queda de -n- intervocálico (*Cibriano > *Cibrião > Cibrão; o * indica formas hipotéticas).
Deste modo se chegou a Cibrão em Portugal e a Cibrán e Cibrao na Galiza.1
O exemplo de Josefo não é propriamente o de um arcaísmo, se pensarmos que, quando se fala de história do português, o termo arcaísmo se aplica sobretudo a palavras medievais com escasso uso na norma-padrão contemporânea. Este antropónimo deve ser antes entendido no contexto da introdução de termos do latim clássico (latinismos) e do grego antigo em muitas línguas europeias, processo que se intensificou no Renascimento. Se consultar o Vocabulário da Língua Portuguesa, de Rebelo Gonçalves, verá que se consignam as formas José e Josefo: a primeira é registada sem comentários, enquanto a outra é descrita como «forma alatinada, correspondente a José» (idem). Quando é que se usa a forma alatinada Josefo? Precisamente quando queremos referir-nos ao historiador judeu Flávio Josefo (n. 37 d. C.-c. 100 d. C.), cujo nome em português tem uma aparência mais latina, muito provavelmente porque só era conhecido em meios eruditos. Não se trata de um aportuguesamento mal feito: é apenas um aportuguesamento menos "radical" que o de José, forma mais popular e corrente. Diga-se de passagem que mesmo em inglês há formas divergentes deste nome de origem hebraica, Joseph e Josephus, sendo esta simples adaptação do latim Josephus, nome do célebre historiador judeu.
Um último pormenor: escala e escada não são palavras divergentes, porque não pressupõem exactamente o mesmo étimo latino. Na verdade, escala é a adaptação de scala,ae, «escada, degrau», mas escada desenvolveu-se indirectamente de scala, mediante uma palavra derivada, o baixo-latim scalāta (> escaada (arcaico) > escada; Dicionário Houaiss).
1 Nos dialectos galego-portugueses medievais, a terminação latina -anu evoluiu como um hiato entre vogal nasalizada e vogal oral: [ão] (germanu- > irmão). Mais tarde, desenvolveu-se em português o conhecido ditongo nasal representado por -ão (séculos XIV-XV), mas os dialectos galegos optaram por duas soluções: -án ( [aŋ]), como em «o meu irmán» e -ao ([ao] ou [aw]), como em «o meu irmao».
