Compreendo que a coordenação de duas siglas, ainda por cima ligadas por uma barra, levante alguns problemas de concordância. Considero que, mesmo com siglas, a expressão sem barra seria qualquer coisa como «as BE e os CRE». Ora, se houver que usar apenas uma forma do artigo, não estou a ver que se infrinjam ostensivamente as regras da concordância com «os BE/CRE», porque «os BE...» seria o mesmo que dizer «os Bibliotecas Escolares». Sendo assim, recomendo «as BE/CRE», com omissão do artigo definido masculino singular antes de CRE.