Para José Pedro Machado (Dicionário Etimológico da Língua Portuguesa, Lisboa, Livros Horizonte, 1987), queixar-se deriva do latim vulgar ‘quassĭāre’ (forma hipotética), derivado de ‘quassare’, «sacudir, agitar fotemente; bater, golpear fortemente, danificar» e, em sentido figurado, «enfraquecer; temer».

Segundo o mesmo autor, queixo evoluiu da forma latina ‘capsĕu-‘, «semelhante a uma caixa», derivado de ‘capsa’. Machado (op. cit.) refere ainda que um documento do séc. XIV atesta a forma “queixoo”, a qual, não sendo erro de leitura, sugere também a hipótese de a palavra remontar à forma ‘capsulu’, paralela de ‘capsula’, diminutivo de ‘capsa’.

Não há, portanto, relação directa entre queixar e queixo. A sua semelhança é um caso de convergência entre formas com histórias diferentes.