A questão do hífen na língua portuguesa é mais uma das que pedem um “murro na mesa”, de tão confusa que é, mesmo para especialistas.

No caso concreto do seu emprego com os elementos macro- e micro-, a regra (que emana do acordo luso-brasileiro de 1945) até é das – aparentemente – menos complexas: diz que nunca se usa o hífen.

Que fazer nos casos mais complicados, como, por exemplo, quando o segundo elemento começa por r ou s? Dobra-se essas consoantes: macrorregional, microrrotura; macrossismo, microssistema...

E quando o segundo elemento começa por vogal? Com a e com e, não parece haver problema: macroeconomia, microempresa...

A situação complica-se com i (por causa do ditongo que pode formar com a vogal final do primeiro elemento), com o (onde a par de “microrganismo” existe também “microondas”) e mesmo com u (como o parece comprovar a inexistência de um único exemplo atestado nas obras consultadas, talvez fugindo ao ditongo que se formaria).

E com h também não é fácil! Quando se poderia esperar uma solução do tipo de desumano (des- + humano), em que o h cai, eis que o conceituado Dicionário Houaiss defende a grafia micro-hábitat.

Até com e, em que vimos que a união se fazia sem grandes problemas, há diferentes critérios: a par de “microestrutura” (micro- + estrutura) há “microsférico” (micro- + esférico), em que se faz cair a inicial do segundo elemento.

Mais problemas: se quisermos unir micro- + uva, que fazemos? Não podemos optar por “micro-uva” por o hífen não se usar neste caso; escolhemos “microuva”, obtendo algo parecido com “micrôva”? Preferimos “microúva”, colocando, para desfazer o ditongo, no segundo elemento um acento que não existia? Ou optamos por “micruva”, forma em que quase não reconhecemos os seus elementos compositivos? Não é fácil, não é fácil...

Enfim, o que lhe posso dizer é que a regra em vigor determina que com os antepositivos macro- e micro- nunca se utiliza hífen.

N.E. – Sobre os critérios de hifenização depois do Acordo Ortográfico de 1990, posterior à data desta resposta, cf. as respetivas Bases XV, XVI e XVII + o Guia para a Nova Ortografia  + Acordo Ortográfico: o que muda? E, ainda, explicação do gramático brasileiro Sérgio Nogueira em registo de vídeo, aqui.