O Dicionário da Língua Portuguesa Contemporânea (DLPC), da Academia das Ciências de Lisboa, consigna o hífen nos dois casos: auto-avaliação e hetero-avaliação. No entanto, a Mordebe, que também regista hetero-avaliação, avisa que este termo «embora atestado no DLPC, viola a regra do uso do hífen com o prefixo hetero-». Esta advertência sugere, portanto, que heteroavaliação é a forma correcta à luz das regras de ortografia ainda vigentes em Portugal.

Quanto a alterações na grafia das palavras em apreço em conformidade com o Acordo Ortográfico de 1990, as páginas do Vocabulário em Mudança (recurso do Portal da Língua Portuguesa; também disponível em livro publicado pela Editorial Caminho, Lisboa) indicam que auto-avaliação passará a escrever-se autoavaliação, mas são omissas relativamente a hetero-avaliação/heteroavaliação. Mesmo assim, espera-se que a forma a fixar seja heteroavaliação, como deveria ter sido no passado, quando se lê a alínea b) do n.º 2 da Base XVI do novo acordo:

«[Não se emprega hífen] Nas formações em que o prefixo ou pseudoprefixo termina em vogal e o segundo elemento começa por vogal diferente, prática esta em geral já adotada também para os termos técnicos e científicos. Assim: antiaéreo, coeducaçao, extraescolar, aeroespacial, autoestrada, autoaprendizagem, agroindustrial, hidroelétrico, plurianual.»

É, pois, este o caso dos prefixos auto- e hetero- quando, na formação de um composto, forem seguidos do substantivo avaliação.